东莞设立了市农业技术推广服务中心、农业科学研究中心、生物技术研究所、香蕉蔬菜研究所、种子研究所、畜牧研究所、原种猪场等科研服务机构，连同镇区农技站、村农技推广服务小组，共同构成了市、镇、村三级农业科研推广机构。市农学会、畜牧学会、荔枝协会、香蕉协会、花卉协会等群众性科研组织也积极参与农业科研及技术推广，使全市形成了涵盖果、菜、粮、花、蕉、畜、禽的农业科研推广网络。同时，全市依靠科研推广网络，完成和正在开展一批农业科研课题，其中有妃子笑荔枝丰产稳产技术研究推广，糯米糍荔枝丰产稳产研究，瘦肉型猪引进繁育和推广，蔬菜"一棚两膜"推广等项目。推广应用了一大批新品种、新技术、新设施，实现了科技与生产、推广、效益的有机结合。高标准建设了一批现代农业示范基地，如创办了集科研、生产、培训、旅游观光于一体的农业新技术综合开发区，取得良好的社会效益和经济效益，成为广东省珠江三角洲现代农业十大示范区之一；创办了东城周屋、厚街赤岭等现代化生产示范点。同时，狠抓农产品质量工程，积极推广农产品标准化生产，开展农产品无公害生产和认证。优质荔枝糯米糍、妃子笑，优质菜心、彩椒，优质香蕉63-1、巴西蕉等在海内外市场都占有一席之地，东湖农业发展有限公司、连丰农业发展有限公司、市农业科学研究中心及市香蕉蔬菜研究所已取得广东省"无公害生产"许可认证。目前，农业科技进步贡献率达55%。